logo image

Środowisko do realizacji projektów w architekturze aplikacji internetowej

Środowisko wykorzystuje Python/C++/JavaScript oraz szereg bibliotek. Dostarcza trójwarstwowej architektury z warstwą danych, przetwarzania i prezentacji. Wykorzystuje model aplikacji internetowej, warstwa trwałości oraz przetwarzania jest umieszczona na serwerze, warstwa prezentacji oraz częściowo przetwarzania (badanie poprawności wprowadzonych danych, formatowanie wyglądu wyników) jest umieszczona po stronie klienta. Podstawowe moduły pokazano na rysunku. architecture picture

Start

Aby zbudować prosty przykład aplikacji typu 'Hello World' proszę pobierz aktualną wersję, rozpakuj archiwum, zainstaluj narzędzia, tak jak opisano w pliku README_EN (plik ten jest umieszczony w głównym katalogu), następnie uruchom komendę scons w katalogu, gdzie rozpakowałeś archiwum. Aby uruchomić aplikację (klienta i serwer) lokalnie użyj komendy scons r=l. Niekompletna i nieprzetestowana instrukcja instalacji środowiska pod Windows (zawiera zrzuty ekranów i realizuje kilka punktów opisanych w pliku README_EN jest dostępna tutaj.

Zasoby

Jak cytować BioWeb?

Robert M. Nowak, Polyglot programming the applications to analyze genetic data, BioMed Research International, vol. 2014, doi:10.1155/2014/253013, http://www.hindawi.com/journals/bmri/2014/253013

Przykładowe projekty

Przykładowa aplikacja jest opisana w sekcji Start. Dodatkowe, proste przykłady są wymienione niżej.

Oprogramowanie wykorzystujące bioweb

  • DNASynth, aplikacja do syntezy sztucznych genów (publikacja, kod źródłowy)
  • CodonHMM, oblicza sekwencję DNA na podstwie sekwencji białka używając ukrytych modeli Markowa (publikacja, kod źródłowy)
  • WebOmicsViewer, przeglądarka genomu ogórka (publikacja, kod źródłowy)
  • PETconn, aplikacja do łączenia kontigów wykorzystująca sekwencje sparowanych końców (publikacja, kod źródłowy)
  • DNAMarkers, analiza mieszanin DNA (publikacja, kod źródłowy)
  • GenomeCmp, wyszukuje rearanżacje w genomach (publikacja)
  • DnaAssembler, asembler wykorzystujący graf de Brujna (publikacja, kod źródłowy (tylko moduł obliczeniowy, C++>)